棉花黄萎病是一种土传病害。
棉花黄萎病是为害棉株维管束的病害。①棉花种子传病，这种现象已在生产实践中得到证实；②病株残体传播：棉田中的病株、病叶、病枝残体可直接落到地里或用以沤制堆肥，是造成再循环传播黄萎病的重要途径，有的当年的病株落叶都会对当年的新棉株、健康棉株造成侵染。③流水和农业操作也会造成病害蔓延。④带菌土壤传播，黄萎病菌在土壤中，能以腐殖质为生或病株残体中休眠，在土壤中能存活长达20～25年之久，连作棉田土壤中不断积累菌量，发病严重。棉田一旦传入黄萎病菌，若不及时采取措施，将以很快的速度蔓延为害（特别是遇雨后）。
棉花黄萎病是棉花“第一大病害”，传播途径广泛，棉籽、病株残体、土壤、肥水、农具等多种媒介都可传播。