黄花菜锈病为转主寄生菌，除在黄花菜上产生夏孢子和冬孢子，在另一寄主败酱草的叶片上产生性孢子和锈孢子。以冬孢子随同病残体留在地上越冬，环境条件适宜时萌发产生担子及担孢子，担孢子成熟后借气流传播，危害败酱草，在叶片上产生性孢子及锈孢子。锈孢子成熟后，借气流飘移到黄花菜上，侵染发病。病株上的夏孢子在条件适宜时，可反复侵染黄花菜，引起病害流行。秋季出现冬孢子，进入越冬阶段。
本病以冬孢子及夏孢子在被害部越冬。病菌常形成中间孢子，能越冬和侵染，成为翌年的初侵染源。夏孢子通过气流传播，在黄花菜上进行重复侵染。长江流域各省一般在5月中、下旬始病，6月中旬至7月上旬形成田间发病的高峰期。7月下旬以后气温高，黄花菜已到采收盛期，病害逐渐停止蔓延。10月气温下降，几次秋雨后，锈病又开始危害秋苗。
本病以冬孢子及夏孢子在被害部越冬。病菌常形成中间孢子，能越冬和侵染，成为翌年的初侵染源。夏孢子通过气流传播，在黄花菜上进行重复侵染。