加强栽培管理，催芽不宜过长，拔秧要尽可能避免损根。做到“五不插”：即不插隔夜秧，不插老龄秧，不插深泥秧，不插烈日秧，不插冷水浸的秧。
创新链产业链融合，关键是要确立企业创新主体地位。
先择抗病品种，晒种等农业方法。
水稻种植过程中应该加强田间管理。
选好品种，控制秧龄，加强种子消毒。
晒种浸种消毒能有效预防恶苗病。
主要是做好种子消毒工作和拔除病株。
（1）建立无病留种田，选栽抗病品种，避免种植感病品种。（2）加强栽培管理，催芽不宜过长，拔秧要尽可能避免损根。做到“五不插”：即不插隔夜秧，不插老龄秧，不插深泥秧，不插烈日秧，不插冷水浸的秧。（3）清除病残体，及时拔除病株并销毁，病稻草收获后作燃料或沤制堆肥。（4）种子处理。
预防水稻恶苗病可在稻种用强氯精浸种。
只有加强催芽时及秧田杀菌，来控制恶苗病的发生。