种子浸种时要消毒，移栽大田后就难防治。
针对恶苗病最好是芽前种子处理做好预防。
一、农业防治。1、选择抗病品种。2、加强秧苗田间管理，催芽不宜过长，拔苗要尽可能避免伤根。3、及时拔除病株并消毁。二、药剂防治。1、严格把好种子消毒处理关。25%咪鲜胺乳油3000倍液浸种，浸种后带药直播或催芽。2、喷雾防治。发病初期用50%灭菌威水溶性粉剂1000倍液喷雾。水稻移栽到大田以后，如发现病株可喷25%咪鲜胺乳油1500倍液或3%恶霉？甲霜水剂1000倍液。因此，无论是在苗床还是在大田发现恶苗病病株，都要及时拔除，以免病株枯死后，茎秆上产生的病菌分生孢子随气流传播，侵入稻粒，成为下一年侵染来源。水稻恶苗病，预防是关键。
水稻采用播前用药剂浸种一般即可预防水稻恶苗病。
（1）农业防治。选用高产抗病品种和无病种子。改人工拔秧移栽为小苗带土移栽。实行轮作倒茬，杜绝带病残体入田，发现病株及时拔除并集中烧毁或深埋，均可减少发病。带病稻草应及早作燃料烧掉，或堆沤肥料，充分腐熟后施用。严禁用病稻草催芽、扎秧把、覆盖秧床，也不要将病稻草堆放在水稻田边。采用适氮、高钾的肥水管理方法，促使秧苗生长健壮。
用咪鲜胺浸种可以防恶苗病。
选择抗病品种；播种前用药剂浸种。
水稻恶苗病完全可以通过药剂浸种和种子包衣进行防治。
水稻播种前用药剂浸种可预防水稻恶苗病。