水稻恶苗病可用恶霉灵等防治。
水稻恶苗病应做好浸种消毒工作，在大田期发病是无法防治的。浸种药剂有咪鲜胺乳油、氰烯菌酯悬浮剂等。
防治水稻恶苗病的浸种药剂有很多，防效也都比较好，包括：85%的强氯精，2.5%或10%的适乐时，25%或45%的施保克，45%的代森铵，10%的浸种灵等。浸种时应注意水温，一般温度要大于15℃。
可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种2-3天，每天翻种子2-3次，或用35%恶霉灵胶悬剂200-250倍液浸种3-5天，早晚各搅拌一次，浸种后带药直播或催芽，或用25%咪鲜胺乳油3000倍液浸种72小时。
恶苗病是菌类病，必须控制菌，在苗期生成与发展，杀菌是关键。