一、种类与鉴别
1、菇蚊菇蝇类：秋季栽培一般采用发酵料，如平菇、鸡腿菇以及双孢菇等，体形较小的菇蚊、平菇眼菌蚊、蘑菇眼菌蚊、多刺眼菌蚊、异型眼菌蚊、粪蝇、蚤蝇、果蝇等成虫近料产卵，成虫及卵并不能直接产生危害；当温度在16℃～30℃时，约4天左右卵即孵化为幼虫，幼虫以取食菌丝或子实体为生，危害约7天～18天即化蛹，一般蛹期约为2天～8天，之后羽化为成虫，成虫羽化后当日或次日即可再度交尾，交尾当日即可产卵，一般每只菇蚊产卵10粒以上，最多的达270粒，菇蚊成虫体形较大，一般品种体长可在3．5毫米以上，最大可超过6毫米，幼虫体长一般在5毫米左右，最大可超过16毫米。菇蝇类体形偏小，最大型的蚤蝇其成虫体长仅在1．5毫米左右，幼虫则在2毫米～3毫米之间，但果蝇成虫及其幼虫体长可达5毫米左右，与菇蚊相差无几。
上述害虫的成虫极具趋光性和趋味（菇香味、料香味、腐味）性，菇棚闭光处理时，发生概率较低，虫口密度大为下降。其幼虫初期均在表层料内活动，咬食菌丝，出菇后则可钻至菌柄基部，直至菌盖，待菇体“中空”后又回到料内，继续深入危害，直到将基料内菌丝全部蚕食干净。
2、螨类：螨类虫源渠道较多，或寄居于棚内边角的缝中，亦可存活于立柱缝隙、架杆竹木裂纹中，也可通过各种工具进入菇棚，个别的还可通过菌种（主要是三级种）传播，总之，进入渠道多多。螨类主要以咬食菌丝为主要危害，但当虫口密度较大时，同样能咬啮菇蕾及老熟子实体。螨虫主要品种有粉螨、蒲螨、穗螨等。螨虫个体极其微小，但该害虫有群居习性，成堆成团地活动于料表及菇棚边角、地面，虫口密度很大时，料表呈白色（乌白色）或肉红色甚至红褐色。
螨虫繁殖速度极快，20℃～30℃温度条件下，完成一代的生育需8天左右，个别品种则仅需3天即可完成一代。因品种的不同，部分螨虫亦需经卵、幼螨、若螨、成螨等生育阶段，但有的品种则只有卵、螨之分，因为它们的卵可直接在母体内发育为成螨，然后破体而出。当生存条件不适，或无菌、菇可食时，则可吸附于工具、人体甚至其它虫类活体上，借机转移至适宜场所，继续其生存和繁殖扩大。
3、跳虫：该虫多于夏秋季节发生危害，15℃以上条件即可存活，气温达22℃时渐趋活跃，并随之繁殖扩大，跳虫以菌丝体和子实体为危害对象，且潜伏在菌褶及细小缝隙中，使产品价值大打折扣甚至报废。跳虫品种较多，常见的主要有角跳虫、黑角跳虫、黑扁跳虫等。跳虫的寿命很长，多数品种能存活半年左右，长者达到一年。跳虫的主要形体特征是体形微小，一般约在1．5毫米左右，最大者亦在5毫米以下。菇棚内潮湿的环境、阴暗的光线、丰富的菌丝及蘑菇营养，为跳虫的繁衍生息提供了最佳的条件，因此，危害性较大。
4、线虫：线虫主要危害食用菌菌丝，亦有多个品种，主要有具口针的菌丝线虫、无口针的小杆线虫等，前者以口针插入菌丝体吸取菌丝液汁，使菌丝生长受阻、继之萎缩死亡，产生“退菌”现象；后者则用其头部快速搅动菌丝，使之成为极微细的菌丝碎片，然后吞食或吸吮，结果同样是使菌丝消失。线虫体形微小，一般在1毫米左右，但其繁殖速度很快，一般在20℃～30℃条件下，交配后约30小时即可产卵，一条雌虫可产卵几十粒，高者可达140粒；卵发育到成虫只需十几天，25℃以上条件时仅需8天左右。线虫类害虫体表光滑，喜水渍环境或水分较大的生存条件，活动时似有一团水在移动，这是鉴别线虫的重要方法。
二、防治方法
1、清洁菇房：菇房在使用前要彻底清扫，还要使用800倍的敌百虫或敌短畏进行灭虫。如在室外栽培，要清除栽培场地周围的杂草，并用200-300倍的敌百虫液喷洒土壤。对栽培场周围也要进行药杀，防止虫源侵入。
2、防止成虫：直入菇房门、窗及通气孔等，都要使用60目的细纱进行隔断，防止菌蚊、菇蝇等进入。
3、诱杀成虫：可利用菌蚊、菇蝇的成虫的趋光性，利用黑光灯或日光灯进行诱杀。在灯周围挂以敌敌畏棉球或放置敌敌畏药盆。也可利用蜂蜜、糖蜜等加入少量敌敌畏进行诱杀。
4、药剂防治：（1）菇房熏蒸——密闭条件下，每立方米空间用2-3片磷化铝进行熏蒸，以杀灭虫源。
（2）培养料处理——可利用前法对培养料熏蒸，以消灭培养料中的螨类。也可用三氯杀螨醇灭螨，每50公斤培养料用量为15毫升，加水10公斤，均匀地喷到料上后堆积3天，共处理2次。还可在培养料中拌入40%的辛硫磷500倍液或敌杀死1000倍液，50%的氧化乐果1000倍液等，有很好的防虫效果。
（3）床面防治——在出菇前发现虫害时，可向床面喷洒敌百虫500倍液或敌敌畏500-800倍液，敌杀死1000倍液等进行杀灭，出菇期发生害虫时，要先将菇全部采收后，再喷洒上述农药进行杀灭。