1.药剂拌种用多菌灵+苯醚甲环唑（1:1）1:500、或多菌灵+嘧菌酯（1:1）1:500。2、药剂处理土壤。结合耕翻整地用低毒广谱杀菌剂如多菌灵、代森锰锌、甲基托布津、高锰酸钾等药剂处理土壤。3.在小麦返青起身喷药控制。用“阿立卡+杨彩”或恶霉灵、甲霜恶霉灵或戊唑醇、苯醚甲环唑或、咯菌清、嘧菌酯等兑水顺垄喷雾，控制病害扩展蔓延。
茎基腐病可用39%精甲.嘧菌酯、或霜脲氰.锰锌、或霜霉威盐酸盐、或甲霜·锰锌、或80%嘧菌酯、或60%烯酰.锰锌、或25%烯酰.霜脲氰、或80%烯酰吗啉、或氟吗啉、或百菌清、或80%代森.锰锌、或80%代森锌，加入82.6%氧化亚铜、或23%松酯酸铜，或72%农用链霉素，等药剂进行防治。如病情严重加大剂量喷施。同时加入硼，或钙叶肥喷肥，7—10天一次，喷2—3次效果特佳。