猪圆环病毒主要通过呼吸道和消化道传播。病毒通过空气中的飞沫和粪便等途径，感染了猪的呼吸道和消化道黏膜，进入宿主细胞，开始复制和增殖。猪圆环病毒具有很高的变异性，不同的病毒株对宿主的感染力和致病性也存在差异，进一步增加了疫苗的研发和控制的难度。
猪圆环病毒感染后，主要靶标是猪体内的巨噬细胞和淋巴细胞。病毒通过与宿主细胞的受体结合，进入细胞内部，干扰宿主细胞的正常功能。猪圆环病毒的感染会抑制巨噬细胞的吞噬功能和抗原呈递能力，导致猪的免疫系统受损。此外，猪圆环病毒感染还会导致炎症反应的增强，释放出一系列的炎症介质，如细胞因子、炎性介质等，进一步损害宿主组织细胞。
猪圆环病的发病机理还涉及宿主的免疫反应和遗传因素。病毒感染后，宿主会产生病毒特异性抗体，但由于病毒的高变异性，抗体的中和效应并不明显。病毒还能逃避宿主的免疫监视和抗病毒免疫应答，导致感染过程长期持续。此外，宿主的遗传差异也会影响病毒感染的严重程度和病理变化。