幼虫群集在韭菜地下部的嫩芽和鳞茎蛀食危害，春、秋季向上蛀食土中白色茎部，导致根茎腐烂，受害后韭菜叶片发黄萎蔫下垂，直至枯黄死亡。夏季气温高时，幼虫向下移动，主要危害鳞茎，使整个鳞茎腐烂严重时大片韭丛枯死。韭菜一经韭蛆危害，韭苗枯萎不能萌发新芽，有的虽能萌发新芽，但极细弱，没有经济价值。
韭菜根蛆简称韭蛆，成虫阶段叫迟眼蕈蚊，以幼虫进行为害，幼虫会钻入韭菜鳞茎部，危害后的鳞茎会腐烂，地上部茎叶变黄、萎蔫，植株矮小，严重的整株死亡。韭蛆还为害葱、蒜等作物。
主要危害茎部，导致根茎腐烂受害后韭菜叶片发黄萎蔫下垂，直宝枯黄死亡。
韭菜根蛆病导致柱茎腐烂影响韭菜叶子发黄萎蔫。
韭菜根蛆危害，常造成根茎腐烂，不发芽，有的韭菜叶片发黄，甚至枯黄死亡。