玉米苗期确磷，即使后期供给充足的磷难以弥补早期的不良影响。苗期确磷，根系发育差，苗期生长缓慢。5叶期后明显出现确磷症状，叶片呈紫红色，叶尖紫色，叶缘卷曲，这是由于碳元素代谢在缺磷时受到破坏，糖分再也中积累，形成花青素的结果。但是，叶上的这种症状也可因虫害、冷害和涝害而引起，所以要做全面分析。缺磷还使花丝抽出速度缓慢，影响授粉，并且果穗卷缩，穗行不齐，籽粒不饱满，常出现秃顶现象，成熟延迟。
玉米缺磷在幼苗期和开花期都会出现不同的症状，幼苗期缺磷玉米下部叶片开始出现暗绿色，并且从边缘开始出现紫红色；开花期缺磷秃顶、缺粒与粒行不整齐等症状。