药剂防治。发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%百菌清可湿性粉剂800倍液，或20%三唑酮乳油3000倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。发病中期用98％恶霉灵2000～3000倍灌根。
玉米的茎基腐病分细菌性和真菌性病害，建议综合治理，药物防治，甲基硫菌灵或戊唑醇或咪鲜胺或苯醚.丙环唑+噻唑锌或喹啉铜防治。
防治玉米茎腐病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，第四要在初发病时用腐霉利、瑞毒霉、吡唑醚菌酯、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。
使用药剂防治：发现零星病株可用甲霜灵400倍液或多菌灵500倍液喷根茎或灌根，每隔7～10天喷1次，连治2～3次，有较好的治疗效果。
在同一地块中连年种植玉米，可造成病原菌在土壤中大量积累，发病会逐年加重。如果与大豆、花生等非寄主作物实行轮作，可显著减轻病害的发生。
雨季及时排水，合理密植，保持田间通风透光和良好的土壤透气性；及时清除病柱，集中烧毁；及时除虫，防止病菌从伤口侵入；合理施肥轮做等，也可药剂进行防治。
发病初期用天达裕丰2000-2500倍+农用抗菌素12072%链霉素3000倍+30%甲霜恶霉灵1000倍喷施基部2-3次。
大力实施种业振兴行动、强化农业科技支撑、提高农业机械化水平、抓实乡村产业发展、深入实施六大强农行动、完善联农带农机制。
在玉米生产上，引起茎腐病的原因有多种，最重要的一类是真菌型茎腐病。真菌茎基腐病是由多种病原菌单独或复合侵染造成根系和茎基腐烂的一类病害，主要由腐霉菌,炭疽菌，镰刀菌侵染引起，在玉米植株上表现的症状就有所不同。其中腐霉菌生长的最适温度为23～25℃，镰刀菌生长的最适温度为25～26℃，在土壤中腐霉菌生长要求湿度条件较镰刀菌高。
玉米茎腐病防治，选用抗病品种，增施用酵素菌沤制的有机肥和磷钾肥，清除病残体，倒茬轮作，合理密植，加强肥水管理，发病初期用氯溴异氰尿酸等农药喷施防治。