辣椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。幼苗期发病，多从茎基部开始染病，病部出现水渍状软腐，病斑暗绿色，病部以上倒伏。
危害叶片，果实和茎，特别是茎基部最易发生，幼苗期发病，扩散到病部出水渍状软腐，呈暗绿色，病部以上倒伏！
染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡；定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉；花蕾被害迅速变褐脱落；果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。
辣椒发生疫病早期应拨除病株用生石灰病穴消毒。
种植辣椒一般常见的病虫害有软腐病、疫病、炭疽病、青枯病、病毒病。详细介绍及防治方法可以参考下列：辣椒软腐病：软腐病发生时果实病斑初期呈水渍状，后腐烂脱落，有臭味，腐烂后的果实只剩下一层皮，经日晒变白，此病多发于高温多雨季节。辣椒软腐病防治方法：一、避免连作，包括茄子番茄等茄科作物。二、50PPM农用链霉素或新植霉素全株喷施及灌根。辣椒疫病：苗期、成株期均可以发生，而在早春育苗期间极易发生。疫病发生时，幼苗茎杆病部呈水渍状，叶片萎焉，然后发生软腐，折到枯死，而成株则表现为茎叶局部发生褐色病斑，引起落叶甚至枯死，果实表现为发生水渍状病斑，而后软腐。