重病区可与十字花科、百合科等非瓜类蔬菜实行3年以上轮作；施腐熟底肥，防雨后积水和地下害虫，发病后及时松土；发病初期可喷洒或浇灌50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或45%特克多悬浮剂1000倍液，每株浇灌药液150-300ml。
化学防治要掌握用药时机和用药部位，做到提前预防。应于定植前蘸根，先蘸根后定植，可用高效杀菌剂适乐时1000倍液+普利登鱼蛋白300倍液蘸根；对当前正在发生根腐病的甜瓜棚，应减少浇水，连续灌根1~2次。灌根时要特别掌握药剂足量和用药的部位。最好在根部先用竹竿扎眼，再灌根，防止药液流失。药剂可选用精甲·咯菌腈1500倍液+普利登鱼蛋白500倍液，每棵灌药液300ml；也可灌50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或45%特克多悬浮剂1000倍液，或25%敌力脱乳油1500倍液，同时加入普利登鱼蛋白500倍液，每株浇灌药液300ml，7天后再灌一次，效果较好。