微生物肥料和化肥之间属于互补关系，将化肥和微生物肥料结合使用，可达到优质高产的目的。
微生物肥料的主要作用为改善土壤结构，提高土壤肥力，它能间接为作物提供养分，但不能完全代替化肥。
化肥可以直接为作物提供营养，但利用效率较低，当结合使用化肥和微生物肥料时，可提高化肥的利用效率，减少化肥的用量。
一、微生物肥料和化肥之间有什么关系
1、微生物肥料和化肥是一种互补、相辅相成的关系，结合使用生物有机肥和化学肥料，有利于达到优质高产的目的。
2、微生物肥料是指以微生物的生命活动为核心，让农作物获得特定肥料效应的肥料制品，根据微生物的种类可将其分为细菌类肥料、真菌类肥料、放线菌类肥料、复合型微生物肥料、藻类肥料。
3、微生物肥料的作用以改善土壤结构、提高土壤肥力为主，它可以间接为作物提供生长所需营养物质，但不能完全代替化肥使用。
4、化肥是指用化学或物理方法制成、含有一种或多种农作物生长所需的营养元素的肥料，它可以直接为作物提供生长所需的营养物质，但是利用效率较低。
5、在不使用化肥的情况下，单一使用微生物肥料虽然能提高土壤的透气性，促进作物的根系生长，但依然会导致作物生长不良。
6、当结合使用化肥和微生物肥料时，可有效减少化肥的用量，提高化肥的利用效率（通常可以从30-35%提高至70%左右）。
二、微生物肥料的作用
1、作用
（1）微生物肥料中的微生物菌群可以促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素的良性循环，从而修复并使土壤生态系统达到新的平衡。
（）微生物对修复金属污染、有机污染、盐碱化、荒漠化等土地都具有独特的功效。
2、用法
（1）微生物肥料一般可作为基肥、追肥进行穴施（或沟施），也能用来浸种、拌种、蘸根。
（2）生物有机肥通常作为基肥、种肥、追肥使用，农用微生物菌剂除了可以作基肥、种肥、追肥以外，还能用作叶面喷施。
3、注意事项
（1）微生物肥料不能与杀菌剂混用。
（2）微生物肥料要和当地的土壤、环境条件相适宜。一般情况下，当土壤持水量超过30%、土壤温度达到10-40℃左右、PH为5.5-8.5时，可以使用微生物菌肥。
（3）阴天或晴天傍晚适合使用微生物肥料，高温、干旱天气不宜使用。使用时，应结合盖土、盖粪、浇水等措施，确保微生物充分发挥作用。
（4）配合化肥使用微生物肥料时，应先施入微生物肥料，经过3天后再施入化肥。