使用温度不宜过低：施药温度以25-30℃为宜，效果更好。
避免在干燥天气使用：以阴天、雨后或早晨等湿度较大时使用为宜。
避免强光下使用：避免在光照过强的中午使用，以下午4点后或阴天使用为宜。
避免施药后降雨：施药后5-6小时内不能降暴雨（可降小雨），否则会影响药效。
避免与杀菌剂混用：不能与杀菌剂混合使用，否则微生物农药会失效。
一、使用微生物农药的注意事项
1、防止施用时温度过低
（1）有些农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温较高的天气条件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，故没有达到预期的防治效果。
（2）这是因为生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25-30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10-15℃之间的高出1-2倍。
2、防止在干燥的天气下施用
如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温干燥的天气条件下施用，效果都不佳。这主要是由于环境湿度不够所致。因此，选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
3、防止强太阳光
（1）没有避开高温、强太阳光的中午施用，引起药效下降。微生物活体农药，怕强太阳光照射。
（2）太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天施用，发挥效果更好。
4、避免施用后遭大雨冲刷
芽孢怕大暴雨冲刷，由于暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后（5-6小时后）遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防效作用，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。
5、防止与杀菌剂混用
（1）如块状耳霉菌，作为一种杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。
（2）但作为一种活体，如果与杀菌剂混用，它们会被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。
二、微生物菌剂的作用
1、提高产量
实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有助于农作物增产。
2、改善品质
（1）微生物菌剂能有效地改善农产品品质。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽，既好吃又好看，价值还高。
（2）一些微生物肥料产品，还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。
3、增强作物的抗逆性能
（1）大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性。
（2）比如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高化肥利用率
（1）微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。
（2）解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为速效钾、速效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费。
5、改善土壤养分
（1）微生物菌剂有效菌可以促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。
（2）有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。